Вирусы в банке

Путь к победе над вирусом долог и полон препятствий. По этой причине стратегия, основанная на обмене опытом и научными данными в международном масштабе, может иметь решающее значение. Вирусный биобанк и платформа данных вокруг нового коронавируса - вот ответ Европы на нужды времени периода борьбы с пандемией.

Визитная карточка вируса

Европейский проект Eva Global за 12 лет существования обеспечил создание и развитие одной из самых важных баз данных в мире. Биобанк во французском Марселе содержит более 3 тысяч наименований - это вирусы, образцы других патогенов, материалы для тестов. Профессор Жан-Луи Ромет, координатор проекта, рассказывает: "По сути  наш архив - это виртуальная коллекция. Идея состояла не в том, чтобы поместить все вирусы в одно и то же место, как в Форт-Ноксе. Нет, у нас вирусы в своих лабораториях".

Этот некоммерческий проект ЕС позволяет в очень короткие сроки предоставить ученым знания и материалы, которые необходимы в случае чрезвычайной ситуации.

"Когда в Китае появился коронавирус, наши исследователи сразу выяснили, что речь идет о новичке из семейства SARS, они быстро разработали диагностическую систему для обнаружения этого вируса в анализах пациентов", - вспоминает Ромет.

Институт в Марселе объединяет около сорока передовых лабораторий, стоящих в авангарде вирусологических исследований человека, животных и растений. Его онлайн-каталог позволяет сертифицированным пользователям из мира науки получать доступ к генетическим материалам и другим образцам. Пандемия коронавируса привела к резкому увеличению посещаемости архива: за два месяца пандемии запросов на доступ к базе поступило столько же, сколько за 4 предыдущих года.

Участница проекта Кристин Пра поясняет: "Когда появляется новый вирус, о котором пока очень мало данных, крайне важно иметь возможность сравнить его с существующими вирусами того же семейства. Отсюда - большая роль биобанков, они помогают сравнить новые патогены с теми, которые нам уже встречались".

Образцы в стекаются в базу данных от исследовательских центров, лабораторий, университетов, профильных компаний. Работающие в Марселе эксперты проверяют материал и регистрируют его в онлайн-каталоге вместе с подробным описанием, бесценным для научного сообщества. Вирусолог Брюно Кутард рассказывает: "Мы расширяем знания о том или ином вирусе благодаря исследованиям на клетках. Мы помещаем вирус в клетку, он там размножается, ярко проявляет свои свойства. Описать вирус значит провести секвенирование генома, это позволяет сопоставить новый тип вируса с теми, которые уже есть в нашей базе".

В эпидемию как никогда важен быстрый доступ ученых к обновленным моделям и  самым последним исследованиям. "В эпидемию у нас мало времени, ведь обычно такие вспышки заболеваемости  долго не длятся, - отмечает директор отделения новых вирусов Ксавье Ламбаллери. -  Если в это время ученые опираются на плохо описанные, непроверенные образцы, они не смогут добиться результата, им будет трудно сравнить новый вирус с тем, что уже известно науке. Европейский проект ставит целью обеспечить доступ широкой аудитории ученых к одним и тем же образцам патогенов. Причем речь идет о тщательно проверенных и описанных материалах, с которыми они могут сразу приступать к исследованиям".

В разгар кризиса французский институт смог оказать помощь развивающимся странам, отправив партнерам простой в использовании и надежный диагностический набор.

"Биобанк позволяет нам  оперативно реагировать, разрабатывать диагностические препараты в лиофилизированном виде, так они нормально переносят комнатную температуру. Их можно пересылать без использования холодильных камер. Наши наборы готовы к использованию, они устойчивы, специалисты на местах могут работать с ними без каких-то специальных условий", - рассказывает вирусолог Реми Шаррель.

Ковид  в фокусе внимания

В состав Кембриджского центра молекулярной биологии, одного из самых авторитетных в мире, входит Европейский институт биоинформатики. Под его патронатом находятся важные научные базы данных. В апреле на этой площадке запустили европейский проект по сбору и обмену информацией о новом коронавирусе Covid-19 Data Platform. В базу стекаются сведения из исследовательских центров и больниц.

После анализа и адаптации к общим стандартам они предоставляются международному научному сообществу. Исследователь Амонида Задисса подводит первые итоги: "К нам обратились свыше 50 тысяч человек из более чем 170 стран. Это доказывает, что платформа доступна для всех, востребована и используется. У нас зарегистрировано более 2 миллионов веб-запросов, поступающих через портал; мы предлагаем более 90 тысяч научных статей, доступных для скачивания и изучения".

Ученые размещают в базе сертифицированные данные о геноме вируса, характеристиках белка, а также результаты лабораторных наблюдений через микроскоп. В распоряжении посетителей портала - различные инструменты анализа, позволяющие оптимизировать поиск, усвоение и интерпретацию информации.

Глава группы по архивированию данных Гай Кокрейн рассказывает: "Мы делаем акцент на самых последних данных, поступающих от ученых, из больниц, структур здравоохранения. Все вместе это  становится бесценным продуктом, который мы предлагаем пользователям и с опорой на который они могут двигать науку. Посетители портала имеют возможность свободно перемещаться внутри базы данных, имея под  рукой сведенные в одном месте научные элементы".

Портал - отправная точка  инициативы Covid Data Platform, которая  предусматривает в числе прочего развитие нескольких информационных хабов, касающихся нового коронавируса. Они предназначены для обеспечения непрерывного потока данных о вирусе - от момента вспышки и далее. Это позволит воссоздать глобальную картину происходящего для международных научных сообществ.

Рольф Апвайлер возглавляет немецкое отделение проекта, он подчеркиваете важность оптимизации обмена между несколькими источниками данных: "Мы хотим собрать все данные, которые уже хранятся в центральной базе, свести их воедино на нашем портале, а затем увязать эти сведения с генетическим данными о вирусе, которые постоянно обновляются, поступают прямо сейчас. И, наконец, третий этап - увязать эти два звена с клиническими данными. Это позволит быстро увеличить армию пользователей. Спрос уже огромен, к нам поступает много отзывов и запросов о сотрудничества в будущем. Наука, как мы видим, работает в оптимальном режиме".

Ученые из Кембриджского исследовательского центра подчеркивают, что борьба с новым коронавирусом  - задача глобального масштаба, невозможная без скоординированной работы исследователей, врачей и общества. Обмен данными и разработка более точного моделирования вируса могут сократить путь к вакцине.